肠道病毒71型VP1蛋白二级结构及B细胞表位的预测

摘要：

目的 预测C4基因亚型肠道病毒71型的VP1蛋白二级结构及B细胞表位,为EV71疫苗研制提供理论基础.方法 本研究将宁波地区EV71分离株与国内外EV71代表株进行同源性分析和并构建亲缘进化树.以VP1基因序列为材料,应用EX-PASY服务器上的GOR4、SOPMA两种方法分析预测蛋白质二级结构,并结合蛋白质的亲水性、柔韧性、表面可能性等指标综合评价VP1蛋白的B细胞抗原表位.结果 同源性分析和亲缘进化分析得出,2010年宁波EV71分离株属于C4a基因亚型,与基因库检索到的C4a基因亚型代表株核苷酸和氨基酸同源性较高,分别为93.6％～99.3％和98.3％～100％.VP1蛋白二级结构以无规则卷曲和β-片层为主,有多处抗原指数较高的区段,结合亲水性、柔韧性、表面可能性等指标,综合预测VP1蛋白的B细胞抗原表位在第39～40、159～167、212～220、287～290位氨基酸残基的可能性较大.结论 EV71 VP1蛋白多个区段具有抗原潜力通过生物信息学方法预测VP1蛋白二级结构及B细胞表位为EV71疫苗研制提供理论基础.

关键词：肠道病毒71型、VP1、蛋白质二级结构、B细胞表位

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分类号：R373.2(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：浙江省卫生厅医药卫生科学研究基金资助项目2009A190;宁波市科技局重大科技专项资助项目2009C50008

在线出版日期：2011-12-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：905-908