幽门螺杆菌基因组DNA芯片的研制

摘要：

目的 研制幽门螺杆菌(H.pylori)基因组DNA芯片.方法 以H.pylori 26695和J99作为模板,利用多聚酶链反应(PCR)扩增得到所需要的开放阅读框(open reading frame,ORF)片段.使用Genemachine点样仪进行点样,采用Cy3-dCTP或Cy5-dCTP以及Klenow片段标记H.pylori基因组DNA,并完成芯片杂交和数据读取.数据判断标准是标化后Cy3/Cy5比值(ratio)＜0.5则认为不存在这一基因(记作0),若ratio值≥0.5则认为存在这一基因(记作1).使用芯片重复性、信噪比以及假阳性率和假阴性率评估芯片质量.结果 研制的H.pylori基因组DNA芯片共包括1 882个基因片段,相对应于1 636个ORF,其中H.pylori 26695为1 549个,H.pylori J99为87个.信噪比(S/N)＜2的基因点数约为10%.芯片的假阳性率分别为3.4%(H.pylori 26695)和7.21%(H.pylori J99),假阴性率分别为0.27%(H.pylori 26695)和0.24%(H.pylori J99).芯片内点间重复率为98%,芯片间重复率为97%.结论 成功制备了H.pylori基因组DNA芯片,所制备的芯片具有较高点一致性、信噪比和统计学重复性,为在全基因组范围内进行H.pylori的基础和应用研究提供了一工具.

关键词：幽门螺杆菌、基因组DNA芯片、研制

所属期刊栏目：23

分类号：R3(基础医学)

资助基金：上海市重点学科建设项目Y0205

在线出版日期：2007-04-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：244-247