一株HIV-101_AE/07_BC独特重组病毒近全长基因组分析

摘要：

目的 对在深圳发现的一例gag和env基因片段亚型不一致的HIV感染者样本进行近全长基因组扩增和序列分析,以了解其重组特征并分析可能的来源.方法 利用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列,使用SimPlot 3.5软件分析全长基因组序列中的重组断点,并采用分片段构建进化树的方法确认重组断点.对长度超过300 bp的片段与相应亚型的全部近全长基因组序列构建进化树,分析亲本毒株可能的来源.结果 经扩增测序获得1条长度为8 975 bp的HIV-1近全长基因组序列.断点分析结果表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组两成,重组断点相应于HXB2的位置分别为1 185、1 817、8 782、9043和9216,其中片段Ⅰ、Ⅲ、Ⅴ来源于CRF01_AE毒株,片段Ⅱ、Ⅳ、Ⅵ来源于CRF07_BC毒株.亲本毒株来源分析表明,与片段Ⅱ成簇的CRF07_BC序列主要来自北方男男同性传播人群,Bootstrap值为74％,片段Ⅲ与CRF01_AE的簇5病毒成簇,其中多数序列来自北方男男同性传播人群,Bootstrap值为100％.结论 本文获得了一株CRF01_AE和CRF07_BC重组形成的独特型重组病毒,其亲本病毒与我国北方男男同性恋人群流行的毒株同源,有可能来源于深圳本地性传播人群中流行的病毒.

关键词：HIV-1、重组、近全长基因组、系统进化

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分类号：R512.91(传染病)

资助基金：国家“十二五”重大传染病专项No.2012ZX10004-902;广东省医学科研基金No.A2014088

在线出版日期：2016-12-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：1064-1069