甘薯苗期氮高效利用性状的GWAS分析及候选基因的筛选与验证

摘要：

[目的]解析甘薯氮高效利用的遗传机制,挖掘氮利用性状的关联位点及氮高效候选基因,为甘薯氮高效型分子育种、品种遗传改良提供支持.[方法]以来自世界各地的129个甘薯栽培种为材料,设置缺氮(0 mmol·L-1 纯氮)和正常氮(14 mmol·L-1纯氮)处理,采用水培试验对甘薯苗期地上部生物增加量、地下部生物增加量、地上部氮累积量、地下部氮累积量、地上部氮生理利用效率和地下部氮生理利用效率共 6 个表型性状进行基于混合线性模型(mixed linear model,MLM)的全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS).根据分析结果确定氮高效候选基因,并对候选基因进行RT-qPCR验证.[结果]6个甘薯苗期氮高效利用性状在正常氮和缺氮处理条件下存在着广泛变异.其中,缺氮处理条件下,地上部生物增加量变异系数最大,为 69.5%;地下部氮生理利用效率变异系数最小,为 12.1%.除地下部氮生理利用效率外,其他 5 个性状彼此均显著相关.GWAS定位到与地上部生物增加量、地下部生物增加量、地下部氮累积量和地上部氮生理利用效率 4 个性状显著关联的 134 个区段内 888 个SNP位点.筛选、过滤得到与地上部氮生理利用效率显著关联且可靠性较高的 10 个区段内的 93 个 SNP 标记,基因注释得到 6 个甘薯氮高效候选基因.RT-qPCR 验证认为 3 个候选基因(itf01g08120.t1、itf01g22030.t1和itf01g22100.t2)分别编码谷氨酸脱氢酶、NPH3蛋白和TIP41-like蛋白,具有进一步研究价值.[结论]在129份甘薯种质资源中共检测到888个与甘薯苗期氮高效利用性状关联的SNP位点,其中,与地上部氮生理利用效率显著相关的SNP位点93个,筛选、鉴定到6个甘薯氮高效利用的候选基因.itf01g08120.t1、itf01g22030.t1和itf01g22100.t2存在进一步研究价值.

关键词：甘薯、氮肥利用效率、氮高效基因、全基因组关联分析、RT-qPCR

所属期刊栏目：56

分类号：S511;S;S663.1

资助基金：国家甘薯产业技术体系项目CARS-10

在线出版日期：2023-10-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：3500-3510,中插1-中插4