猕猴桃属植物通用型SSR分子标记引物的筛选及应用

摘要：

[目的]基于猕猴桃全基因组数据,开发、筛选一批多态性高、通用性强的SSR引物,为猕猴桃属种质资源遗传多样性分析、品种鉴定等奠定基础.[方法]基于'红阳'猕猴桃全基因组序列,设计并合成435对SSR引物,采用荧光标记毛细管电泳进行等位变异检测.首先,采用遗传差异较大的5份猕猴桃种质资源对引物进行有效性筛选;其次,选择9个物种或杂交组合的16份猕猴桃种质资源开展引物复筛;最后,利用所选引物对国家猕猴桃种质资源圃内猕猴桃属51个类型共225份种质资源进行基因分型及亲缘聚类分析.[结果]从435对引物中初筛到216对有效性引物,经复筛确定分布于29条染色体上的67对引物为最终核心引物.67对引物在16份种质中共得到842个等位变异,每个位点检测到等位变异6-18个,平均等位基因数(Na)为12.57个;有效等位基因数(Ne)为3.27(A-Geo-149)—13.84(A-Geo-407)个,平均为8.18个;观测杂合度(Ho)为 0.60(A-Geo-073)—0.93(A-Geo-158),平均为 0.77;期望杂合度(He)为 0.72(A-Geo-149)-0.92(A-Geo-101、A-Geo-158),平均为 0.85;多态性信息含量(PIC)为 0.67(A-Geo-149)—0.92(A-Geo-158),平均为0.84;Shannon's信息指数(Ⅰ)为1.47(A-Geo-149)—2.73(A-Geo-101),平均为2.22,说明引物的多态性极高,适用于猕猴桃属种质资源的亲缘关系及遗传多样性分析,225份种质资源聚类结果能明确揭示猕猴桃属植物的亲缘关系.[结论]筛选出的SSR引物稳定、可靠,多态性与通用性高,可作为核心引物用于猕猴桃属植物种质资源鉴定、指纹图谱构建、核心种质挖掘和遗传多样性分析等研究.

关键词：猕猴桃、SSR、引物、基因组、遗传多样性

所属期刊栏目：55

分类号：S512.1;S663.402.4;Q943.2

资助基金：国家重点研发计划;物种品种资源保护费项目

在线出版日期：2022-11-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共15页

页码：3411-3425