枯草芽孢杆菌NCD-2对棉花根系分泌物L-脯氨酸响应的转录-蛋白质组学联合分析

摘要：

[目的]棉花根系分泌物L-脯氨酸是影响生防菌株定殖的关键因素之一,前期研究发现L-脯氨酸能够提高枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)NCD-2生物膜形成能力.通过高通量测序技术分析L-脯氨酸调控枯草芽孢杆菌NCD-2生物膜形成和生防潜力相关的基因,为深入认识棉花根系分泌物与生防菌株的分子互作关系打下基础.[方法]以枯草芽孢杆菌NCD-2菌株为供试材料,外源添加浓度为10 mg·mL-1的L-脯氨酸共培养24 h后,分别进行转录组(RNA-seq)和同位素标记相对定量蛋白质组技术(iTRAQ)分析,对所获得的转录组和蛋白质组数据进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证不同代谢通路中部分差异基因的表达情况.[结果]转录组分析发现,L-脯氨酸和NCD-2菌株共培养后,获得1071个差异表达基因(DEG),其中602个基因上调,469个基因下调.GO分析发现在生物过程、细胞组分和分子功能方面分别有49、14和30个功能条目显著富集.KEGG代谢通路主要富集在化合物代谢、鞭毛组装、细菌运动和趋化作用.蛋白质组学分析发现,筛选到211个差异表达蛋白(DEP),其中118个蛋白上调,93个蛋白下调.GO分析发现在生物过程和分子功能方面分别有13和8个功能条目显著富集.KEGG代谢通路主要富集在氨基酸代谢、碳水化合物类代谢、鞭毛组装和ABC转运蛋白.进一步转录-蛋白质组学联合分析发现,在L-脯氨酸作用下,检测到共有的显著差异表达基因(或蛋白)112个,其中38个基因(或蛋白)下调,74个基因(或蛋白)上调.GO功能显著富集主要集中在营养库活性、催化活性、细胞膜、定位、细胞脂质代谢过程、氧化还原过程、sigma因子活性、转运活性、芽孢形成9个方面.KEGG代谢通路主要富集在能量代谢、ABC转运蛋白、抗生素生物合成、鞭毛组装、运动或趋化作用和双组分系统方面.RT-qPCR验证了26个差异表达显著基因,结果发现在表达量上存在一定的差异,但表达趋势与RNA-seq和iTRAQ组学分析结果基本一致.[结论]棉花根系分泌物L-脯氨酸与枯草芽孢杆菌NCD-2之间的互作存在一个复杂的生物过程,依赖于不同代谢通路网络中的多个基因.双组分系统、抗生素生物合成、能量代谢、运动或趋化作用、鞭毛组装和ABC转运蛋白通路中的差异基因(或蛋白)可能在棉花根系分泌物与枯草芽孢杆菌互作过程方面发挥着重要作用.

关键词：L-脯氨酸;枯草芽孢杆菌;转录组;蛋白质组;互作关系

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资助基金：国家自然科学基金;国家现代农业产业技术体系;河北省农林科学院科学技术研究、发展计划;国家公益性行业农业科研专项

在线出版日期：2021-12-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共16页

页码：4585-4600