番红花种球中虎眼万年青花叶病毒的分子鉴定与序列分析

摘要：

[目的]对一批荷兰进境番红花种球(Crocus sativus)进行病毒鉴定,以防止危险性病毒传入危害.[方法]根据已报道的马铃薯Y病毒科(Potyviridae)通用引物(Sprimer和M4T),采用RT-PCR方法对一批番红花种球样品进行检测,取其中一个RT-PCR产物进行克隆测序,利用GenBank上的基本局部比对搜索工具(Basic Local Alignment Search Tool,BLAST)和MEGA 6中的基于对数期望的多重序列比较(Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation,MUSCLE)进行序列比对分析,并根据外壳蛋白基因(coat protein,CP)序列利用最大似然法(maximum likelihood method)进行系统发育分析.[结果]RT-PCR检测结果显示该批样品扩增到一条约1.7 kb的预期大小片段,说明该批番红花种球样品中存在Potyviridae科病毒.测序获得长度为1666 bp的序列(命名为2677-NL),含有部分核内含体b基因(nuclear inclusion b,NIb)、完整的CP和3′端非编码区(3′-UTR),其核苷酸序列与虎眼万年青花叶病毒(Ornithogalum mosaic virus,OrMV)的SW3.3分离物具有最高序列一致性(99.6%),与OrMV参考基因组序列(Reference genomic sequences,RefSeq;NC_019409)的序列一致性为99.1%.该分离物的CP与6个OrMV印度分离物(JQ686722、JQ686720、JN692498、JN692497、JN692496、JF682235)的核苷酸和氨基酸序列一致性分别为71.5%—77.3%和65.7%—79.7%,与其他32个OrMV分离物的核苷酸和氨基酸序列一致性分别为77.9%—99.5%和82.9%—99.2%.基于CP进行的系统发育分析表明,OrMV可分为两个类群,而2677-NL与5个澳大利亚分离物(JQ807995、JQ807996、NC_019409、AF185964、AF185965)相聚成簇,表明其在系统发育关系上与OrMV澳大利亚分离物的亲缘关系最近.[结论]根据国际病毒分类委员会(ICTV)关于Potyviridae科病毒种类的分类标准,2677-NL为OrMV的一个分离物,证实该批番红花种球受到OrMV的侵染.这是世界上首次在番红花中发现OrMV的报道.

关键词：虎眼万年青花叶病毒、番红花、RT-PCR、新寄主

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分类号：S68;S64

资助基金：福建省自然科学基金2015J01148;国家质量监督检验检疫总局科技计划2015IK190;厦门市科技计划3502Z20154080

在线出版日期：2018-01-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：4046-4054