基于转录组信息的黑果枸杞MYB转录因子家族分析

摘要：

[目的]MYB基因家族是植物中最大的一类转录因子家族,广泛参与植物的生长发育和代谢调控过程.目前仍没有针对枸杞等木本作物MYB转录因子家族的系统分析.基于转录组数据鉴定分析黑果枸杞MYB基因家族,可为该类基因生物学功能和代谢调控机制的研究提供参考.[方法]基于黑果枸杞转录组测序(RNA-Seq)数据,利用NR、NT、Swiss-Prot和PFAM 4个数据库和NCBI网站,对黑果枸杞MYB基因进行筛选注释;利用Web Logo3、Prot Comp 9.0、MEGA5.0软件进行保守结构域、亚细胞定位和系统进化等生物信息学分析.基于转录组数据分析MYB基因在黑果枸杞果实不同发育期的差异表达模式,并采用荧光定量PCR方法进行验证.[结果]基于转录组测序数据,注释得到83个黑果枸杞MYB类转录因子基因,根据结构特性将其分为4大类:R2R3-MYB、1R-MYB、3R-MYB和4R-MYB.结构域分析表明:R2R3-MYB类转录因子的R2 MYB基序中包含3个极度保守的色氨酸残基,R3 MYB基序中的第一个色氨酸残基被疏水氨基酸替代.比较分析黑果枸杞MYB家族和拟南芥MYB家族共同构建的进化树发现,黑果枸杞的MYB家族在进化上包括3个大类,6个亚类.亚细胞定位预测结果显示,44个MYB转录因子定位于细胞质中,37个定位于细胞核中.基于转录组数据的MYB差异表达模式分析表明,黑果枸杞MYB基因可能参与了果实不同发育时期花青素变化的调控;基于荧光定量PCR的差异表达数据进一步验证了部分MYB转录因子在果实不同发育时期的花青素合成中可能起到调控作用.[结论]黑果枸杞MYB基因家族注释得到83个黑果枸杞MYB类转录因子基因,为进一步研究MYB家族的基因结构和生物学功能奠定了基础.

关键词：黑果枸杞、转录组测序、MYB家族、分层聚类分析、表达模式

所属期刊栏目：50

分类号：S64;S60

资助基金：国家自然科学基金31660045;国家国际科技合作专项2015DFA90900;宁夏自然科学基金NZ16215

在线出版日期：2018-01-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：3991-4002