大熊猫源犬瘟热病毒基因组遗传特征分析

摘要：

【目的】对首次暴发的大熊猫源性犬瘟热病毒（panda derived-canine distemper virus,P-CDV）全基因组进行克隆测序，以了解大熊猫源 CDV 的全基因组遗传变异情况，进一步追踪感染源，为大熊猫犬瘟热防控提供理论依据。【方法】根据 GenBank 公布的 CDV 全基因组序列设计17对特异性引物，利用 RT-PCR 技术，从感染犬瘟热病毒的大熊猫肺渗出液中分片段扩增 CDV 全基因序列，并克隆到 pMD19-T 载体中；经测序、拼接，获得第一个 P-CDV 全长 cDNA 序列；利用 DNAman 生物学分析软件分别对全基因组序列、H 蛋白基因序列、F 蛋白基因序列、P 蛋白基因序列、M 蛋白基因序列等进行遗传变异分析，构建系统进化树。【结果】经序列测序和拼接，大熊猫源犬瘟热病毒全基因组长15690 nt，GenBank 登录号为 KP677502，主要编码6种蛋白，分别是 N 蛋白、P 蛋白、M 蛋白、F 蛋白、H 蛋白和 L 蛋白，在各个基因及间隔区中未发现碱基插入和缺失。遗传进化分析显示，P-CDV全基因组与20株代表性 CDV 全基因组序列同源性为91.5%—98.7%，P-CDV 与强毒株 MKY-KM08（HM852904）、PS、HLJ1-06（JX681125）、Hebei（KC427278）以及 AC96I-H358（AB753776）在一个大的分支上，与 PS 株（JN896331）亲缘关系最近，同源性为98.7%，与标准野毒株 Strain A75-17（AF164967）同源性为95.7%，与疫苗株 CDV3（EU726268）亲缘关系较远，同源性为91.5%。H 蛋白氨基酸序列分析和系统进化树表明，大熊猫源犬瘟热病毒属于强毒株，基因型为 Asia-I 型。P-CDV 各蛋白基因与20株代表性的毒株相比有9处氨基酸发生了变异，与GenBank 上现有的 CDV 序列相比，其中3处是独有的，分别是：F 蛋白基因的208位由 N（Asn，天冬酰胺，强毒株多为 N）或 K（Lys，赖氨酸，弱毒株多为 K）变成了 S（Ser，丝氨酸），第215位由 S 变成了 A（Ala，丙氨酸），P 蛋白基因的58位由 Q（Gln，谷氨酰胺）变成 K（Lys，赖氨酸）。【结论】成功克隆了大熊猫源犬瘟热病毒的全基因，并完成了序列分析，发现了在 F、P 基因上碱基的重要变异。这些数据将为研究大熊猫犬瘟热的遗传变异和流行特征提供分子生物学依据。

关键词：犬瘟热病毒、大熊猫、全基因组测序、序列分析

分类号：S852.65;R373.9;S432.41

在线出版日期：2015-05-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1445-1452