西门塔尔牛肌内和皮下脂肪miRNA表达谱及miR-27b靶基因分析

摘要：

[目的]通过分析西门塔尔牛肌内脂肪和皮下脂肪差异表达miRNA，及对重要的候选miRNA-27b进行靶基因预测及相关生物信息学分析，探索miRNA在动物肌内脂肪生长、发育过程中的作用及其调控机制。[方法]利用miRNA微阵列芯片技术对肌内脂肪和皮下脂肪miRNA表达谱进行检测和分析以筛选差异表达miRNA；qRT-PCR方法验证4个在肌内脂肪显著高表达的候选miRNAs；采用Targetscan生物信息学计算方法预测目标miR-27b（对肌内脂肪沉积可能起重要调节作用）的靶基因，并对靶基因进行GO注释描述、富集分析及KEGG富集。[结果]miRNA芯片分析发现肌内脂肪和皮下脂肪共有88个差异表达极显著miRNA（P＜0.01）。候选的4个在肌内脂肪高表达miRNAs（miR-140、miR-145、miR-143、miR-27b）的qRT-PCR检测结果与芯片分析结果具有很好的一致性。KEGG富集显示，目标miR-27b的预测靶基因在MAPK、Wnt、Hedgehog、TGF-beta、GnRH等信号通路中显著富集，其中在MAPK信号通路中富集度最高。[结论]牛肌内脂肪和皮下脂肪组织中确实存在一些差异表达的miRNAs，某些重要的在差异高表达miRNA（如miR-27b）可能以独特的通路（如MAPK信号）来调节牛肌内脂肪的形成过程。

关键词：肌内脂肪、差异miRNA、靶基因、信号通路

分类号：R734.2;R3;R563.9

资助基金：国家自然科学基金;江苏省科技计划自然科学研究项目

在线出版日期：2013-12-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：3894-3900