棉花病原菌碳水化合物酶类注释和比较分析

摘要：

[目的]预测并分析可侵染棉花的病原菌基因组编码的碳水化合物酶类CAZymes,以内生菌绿色木霉和枯草芽孢杆菌为对照,通过碳水化合物酶类家族比较分析确定与病原菌侵染相关的植物细胞壁降解酶类,为细胞壁降解酶参与病原菌侵染机理的研究提供理论依据.[方法]利用已公布的可侵染棉花的7个病原菌全基因组编码蛋白序列,以内生菌绿色木霉为参照,应用BLASTP方法确定共有的核心基因集并构建系统发育树；通过BLASTP方法对基因组编码蛋白的CAZymes进行注释,统计并比较分析病原菌与内生菌CAZymes各个家族基因的差异,获得病原菌相对于内生菌发生扩增的植物细胞壁降解酶类家族；应用MEGA 4.0构建CAZymes亚家族的系统发育树,确定与致病性或者侵染特性相关的CAZymes.[结果]根据共有核心基因集构建了棉花病原菌的系统发育树,初步明确了侵染棉花根部和地上组织病原菌在进化上的差异.CAZymes注释和比较分析表明,病原菌编码的果胶、纤维素、淀粉和木聚糖降解酶类的数量相对于内生菌均有扩增.进一步分析发现,6个果胶降解酶类亚家族(GH35、GH78、GH105、PL1、PL3和PL4)、2个纤维素降解酶类亚家族(GH61和CBM1)、淀粉降解酶类CBM20亚家族和木聚糖降解酶类GH43亚家族相对于内生菌发生了显著扩增；同时,系统发育树分析还发现病原菌PL1和PL3亚家族衍生出了与致病性或者侵染方式相关的基因.[结论]本研究通过7个棉花病原菌与2个内生菌CAZymes的比较分析,发现了棉花病原菌基因组中1 0个与植物细胞壁降解相关的ChZymes亚家族(GH35、GH43、GH61、GH78、GH105、PL1、PL3、PL4、CBM1和CBM20)显著扩增,它们参与了植物细胞壁组分果胶、纤维素、淀粉和木聚糖的降解作用,初步明确了与棉花病原菌侵染相关的植物细胞壁降解酶类家族及其与病原菌侵染特性的关系.

关键词：棉花病原菌、碳水化合物酶类、植物细胞壁降解酶、基因家族扩增

所属期刊栏目：46

资助基金：国家"973"计划项目2011CB100700;国家科技基础性工作专项SB2007FY027

在线出版日期：2013-08-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：496-506