梨EST-SSR标记的开发及其在梨品种遗传多样性分析中的应用评价

摘要：

[目的]分析梨EST中SSR位点分布规律,开发梨EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于梨品种遗传差异研究的可行性.[方法]从NCBI公共数据库中下载梨表达序列标签(expressed sequence tag,EST)1293条,利用MISA软件对其进行SSR位点查找,将符合条件的序列选出,利用Primer3.0 Plus软件设计48对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物克隆与测序,以验证其真实性.[结果]1 293条梨的EST序列中含有SSR位点的序列为82条,SSR位点92个.二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占48.91%、17.39%和17.39%.48对引物中有31对引物能扩增出理想的PCR产物,其中27对引物扩增条带具有多态性.同时发现11对引物中,有83.87%的片段具有相应的SSR位点.聚类结果表明,梨被明显地区分成东方梨和西方梨两大群,分类效果明显.[结论]梨EST-SSR标记开发效率较高,是梨SSR标记开发的重要措施,对于梨品种的鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值.

关键词：梨、EST、SSR、遗传多样性

所属期刊栏目：43

分类号：S6(园艺)

资助基金：国家科技支撑计划2008BAD92B07

在线出版日期：2011-04-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：5079-5087