牛miR-2439-5p的转录因子-miRNA-mRNA调控网络预测与组织表达谱分析

摘要：

为了解牛miR-2439-5p的生物学信息和初步探索其与宿主基因MRTFA(Myocardin related transcription factor A,心肌素相关转录因子A)是否存在互作功能,以及进一步了解牛miR-2439-5p的组织表达规律,利用物种间保守性分析、上游序列CpG岛分析、启动子预测、转录因子预测、靶基因预测、基因本体论富集分析和信号通路富集分析等生物信息学方法对miR-2439-5p进行"转录因子-miRNA-mRNA"调控网络预测,并进行组织表达谱分析.结果 表明:1)miR-2439-5p是牛特异性miRNA、内含子miRNA和miRNA*(相对低表达miRNA);2)miR-2439-5p可能受C/EBPβ和RARα等转录因子调控,预测其共有621个靶基因,显著富集在AMPK信号通、mTOR信号通路和不饱和脂肪酸合成等信号通路;3)miR-2439-5p在28月龄郏县红牛的肾组织中相对高表达,与肌肉和背脂组织存在显著性差异(P＜0.01);其在28月龄和牛的背脂组织中相对高表达,与肝和脾组织存在显著性差异(P＜0.05);其在28月龄固原黄牛的各组织表达量无显著性差异(P＞0.05).综上,miR-2439-5p可能反馈调节宿主基因MRTFA,从而调控牛脂肪细胞分化,为进一步探究miR-2439-5p的功能和作用机制提供研究方向和理论依据.

关键词：牛;miR-2439-5p;"转录因子-miRNA-mRNA"调控网络;组织表达谱分析

所属期刊栏目：26

分类号：S823.8+1(家畜)

资助基金：国家自然科学基金;宁夏回族自治区重点研发计划项目;宁夏回族自治区科技创新团队

在线出版日期：2021-12-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：102-111