基于转录组的苋菜LBD基因家族鉴定及蓝光下的表达分析

摘要：

为了解苋菜LBD基因家族,本研究利用转录组数据筛选和鉴定苋菜LBD基因家族成员,并命名为AtrLBD.结果 表明:1)从'全红'苋菜转录组中共鉴定得到16个AtrLBD基因,均为不稳定蛋白,氨基酸长度在91～351 aa,相对分子质量为9.396～38.250 ku;二级结构主要以α-螺旋和无规卷曲为主;亚细胞定位预测,AtrLBD定位在细胞核、叶绿体和线粒体;MEME分析结果表明,16个AtrLBD共有10个保守氨基酸序列;2)系统进化树显示,16个AtrLBD与拟南芥LBD蛋白分为第一类(Class Ⅰ)和第二类(ClassⅡ)2大类,细分为Class Ⅰa、Ⅰb、Ⅰc、Ⅰd、Ⅰe和Class Ⅱa、Ⅱb等7个亚类;miRNA预测结果显示,有4个AtrLBD是miRNA靶基因;3)qRT-PCR结果显示,除AtrLBD4、AtrLBD5、AtrLBD10和AtrLBD16以外,AtrLBD均受到蓝光的诱导表达.上述结果为深入研究苋菜LBD基因家族的功能及进化分析奠定了基础.

关键词：苋菜;LBD;表达分析;生物信息学分析

所属期刊栏目：26

分类号：Q943.2;S636.4(植物学)

资助基金：福建省自然科学基金项目;福建农林大学科技创新专项基金项目;福建省高原学科建设经费

在线出版日期：2021-10-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共15页

页码：66-80