基于转录组测序的黄麻SSR分子标记开发与初步验证

摘要：

为开发黄麻SSR引物,为黄麻分子标记辅助育种等研究提供有利工具,在黄麻转录组测序的基础上,采用MicroSAtellite(MISA)软件进行SSRs搜索,并对部分SSR引物的多态性进行验证,结果表明:1)在1kb以上的13 718条unigene中,共检测到8 571个SSR位点,占评估序列数目的62. 47％,平均每3. 47kb有1个SSR;2)所开发的SSR标记中,单核苷酸重复序列最多,占42. 15％,二核苷酸和三核苷酸序列也较丰富,分别占14. 80％和16. 74％;3)利用Primer3. 0软件设计了与木质素合成酶基因及MYB转录因子相关的880对引物,随机选取29对引物,以8份不同类型黄麻种质进行多态性验证,获得8对具有稳定多态性的引物,多态性引物比率为27. 58％.结果表明,基于黄麻转录组序列的SSR标记开发是可行的,开发的SSR标记可为黄麻属遗传多样性分析、遗传图谱构建及功能基因的挖掘等研究提供有利工具.

关键词：黄麻、转录组、SSR分子标记、开发

所属期刊栏目：23

分类号：S563.4(经济作物)

资助基金：国家自然科学基金项目31471549;现代农业产业技术体系建设项目CARS-19-E06

在线出版日期：2018-08-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：24-32