基于生物信息学的胃癌特征基因网络关键节点及预后关联分析

摘要：

目的:本研究旨在利用生物信息学筛选胃癌的特征基因,探索胃癌的恶性机制.方法:通过GEO数据库筛选胃癌相关基因芯片作为训练集,并利用GEO2 R工具分析胃癌组织相较于正常组织的差异基因,进而在验证集患者中对所筛选基因进行验证;采用String数据库计算其蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络.根据Cytoscape软件的Centiscape等插件分析PPI网络中的关键节点,分析蛋白相互作用相关性;并利用DAVID数据库对差异基因和PPI关键模块基因进行基因功能富集及注释.随后对关键节点基因进行生存分析.结果:所筛选出的63个特征差异基因对胃癌与正常组织区分度良好,主要参与调控细胞外基质受体相互作用、PI3 K-AKT信号通路等.PPI网络中关键节点调控肿瘤增殖、转移.对关键节点基因进行生存性分析发现,ITGB1、COL1A2表达高的患者,其生存率远低于低表达患者(P<0.05).结论:本文可为寻找胃癌发生发展的关键基因,探索胃癌治疗新靶点提供一定的理论依据.

关键词：胃癌、生物信息学、差异基因、PPI网络、基因功能富集及注释

所属期刊栏目：24

分类号：R965.2;R573;R963(药理学)

资助基金：国家自然科学基金81503165;浙江省医药卫生科技计划项目2017RC001,2018KY148

在线出版日期：2019-09-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：852-859