基于GBS技术的新杨绿壳纯系蛋鸡SNPs检测

摘要：

研究选取291只新杨绿壳纯系蛋鸡,利用HiSeq2500测序仪对试验鸡群进行GBS测序,检测群体SNPs.结果获得267.402 Gb有效数据,平均每个样本918.910Mb,平均测序深度为10.15,平均覆盖度为15.46％,Q30≥85％.经过严格过滤后,最终鉴定421 142个高质量SNPs(MAF≥5％),其中4 682个(1.11％)SNPs位于外显子上,8 727个(2.07％)位于基因上下游1 kb区域内,183 821个(43.65％) SNPs在内含子区域,位于基因间的SNPs有220 779个(52.42％).将这些高质量SNPs与dbSNP库进行比对,发现45 034个新的SNPs,约占总SNPs的10.4％.研究表明,GBS技术适用于新杨绿壳纯系蛋鸡基因组的SNPs开发,成本低,可为后续经济性状的全基因组关联分析和全基因组选择提供更丰富的遗传标记.

关键词：GBS、SNP、新杨绿壳纯系蛋鸡

所属期刊栏目：40

分类号：S831.2(家禽)

资助基金：现代农业产业技术体系建设专项;上海市农业科学院卓越团队建设计划

在线出版日期：2018-08-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：7-10