基于基因共表达权重网络分析骨质疏松相关的关键LncRNA

摘要：

目的 通过基因共表达权重网络分析(WGCNA)探讨LncRNA与骨质疏松的关系.方法 收集GEO数据库中GSE56815芯片的80个样本,通过重注释获得了127 LncRNA,用WGCNA对表达数据进行样本聚类分析,并与骨质疏松进行相关性分析.寻找相关性最高的模块的靶基因并绘制网络关系图,随后进行GO和KEGG富集分析.结果 共检测到9个LncRNA模块,关键模块为turquoise模块包含29个靶基因,并获得204个靶向基因,绘制网络关系图后获得枢纽LncRNA为ACVR2B-AS1、LINC01278、SND1-IT1、C22orf24、ZNF213-AS1、WT1-AS、PLAC4、RHPN1-AS1和LINC01140.GO功能主要集中在细胞间信息传递上;细胞功能集中在细胞核、细胞膜和线粒体中,涉及成骨细胞分化的调控.KEGG主要富集于GnRH、Notch、神经营养和钙离子信号通路上.结论 利用WGCNA方法,获得与骨质疏松性状相关模块,鉴定有生物学意义的基因模块,获得了核心LncRNA,并通过寻找潜在的靶基因,进行了富集分析.这些结果为LncRNA在骨质疏松症病理生理机制的研究中提供新的见解.

关键词：基因共表达、WGCNA、LncRNA、骨质疏松、靶基因

所属期刊栏目：27

分类号：R34;R589.5(人体生物化学、分子生物学)

资助基金：广东省自然科学基金2018A030313369

在线出版日期：2021-05-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：556-562