用生物信息学的方法筛选急性心肌梗死早期诊断的潜在生物标记物

摘要：

目的 本研究旨在探究差异表达基因(Differentially expressed genes,DEG),然后鉴别出急性心肌梗死(Acute myocardial infarction,AMI)关键基因,由此筛查出可用于这种研究早期诊断的心脏疾病潜在生物标记物.方法 AMI患者(GSE19339)的基因表达数据下载自基因表达汇编数据库.采用affy程序包预处理后,在samar程序包内通过微阵列显著性分析(Significance analysis of mycroarray,SAM)算法筛选DEG.然后使用DAVID(注释可视化和整合发现数据库软件,database for annotation visualization and integrated discovery software)在线工具进行DEG功能和通路富集分析.进而采用GENET-IC_ASSOCIATION_ DB_ DISEASE分析和blastp比对算法筛选出AMI的相关基因.最后,将这些新基因用于转录因子和蛋白-蛋白相互作用网络分析.结果 在AMI患者与正常对照样本间共筛选出633个DEG,包括378个上调DEG和255个下调DEG.在AMI中发现了一种显著差异表达的新基因LCK(淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶,lymphocytespecific protein tyrosine kinase).进一步分析显示LCK参与CXCL12(趋化因子(C-X-C基序)配体12,chemokine (C-X-Cmotif) ligand12)的表达调节,而LCK的表达则由不同的转录因子进行调节.结论 这项研究中,我们对AMI的发病机制提出了新见解,并提出LCK是这种严重心脏疾病的一个引人注目的候选标记物.

关键词：急性心肌梗死、差异表达基因、LCK、转录因子、蛋白质交互作用网络

所属期刊栏目：15

分类号：R5;S827.3;S543

资助基金：国家自然科学基金;PUMC青年基金会项目;阜外科学和技术明星项目

在线出版日期：2015-08-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：1311-1315