消化道肿瘤单细胞转录组测序研究中生物样本前处理改良的探索

摘要：

目的:探索在消化道上皮源性肿瘤单细胞转录组测序(简称单细胞测序)中提高组织单细胞悬液中上皮细胞占比的方法,以改善检测样本质量.方法:分析GEO公共数据库内常见消化道上皮源性肿瘤(胃癌、结肠直肠癌及胰腺癌)单细胞转录组测序数据集中的上皮细胞组分占比.比较传统酶消化法以及酶消化后辅以上机前机械性物理吹打法(改良法)处理后单细胞悬液中上皮细胞占比和细胞活力差异.结果:分析公共数据库内数据显示,4份正常胃上皮及胃癌样本的上皮细胞占比为17.05％、6.11％、8.93％和14.66％;2份结肠直肠癌上皮细胞占比为3.86％和16.60％;2份胰腺癌上皮细胞占比为3.22％和21.37％.对2份新鲜采集的胃癌样本,采用传统酶消化法制备单细胞悬液的细胞结团率为56.26％±1.98％和38.34％±1.26％,细胞活力检测提示活细胞占比分别为98.43％±0.56％和97.24％±0.48％;而对传统酶消化法处理后的单细胞悬液在上机前用0.33 mm规格的胰岛素注射器施以机械性吹打操作30 s,可使单细胞悬液的上皮结团率降至22.78％±1.38％和14.46％±0.92％(P均<0.0001);活细胞占比分别为95.16％±0.42％和93.52％±0.82％(P<0.05).结论:在采用传统酶消化后辅以机械性物理吹打法的组织样本前处理操作,可减少上皮细胞结团,从而提高单细胞悬液中的上皮细胞占比,活细胞占比虽有小幅下降,但可满足上机要求.

关键词：单细胞转录组测序、胃癌、结直肠癌、胰腺癌、样本前处理、细胞结团率

所属期刊栏目：21

分类号：R361+.3(病理学)

资助基金：国家自然科学基金;上海市科学技术委员会基金;上海市转化医学协同创新中心基金;教育部·上海市生物医药临床研究与转化协同创新中心

在线出版日期：2023-02-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：567-574