利用基因芯片分析RNA干扰PNAS-2后凋亡相关基因表达的变化

摘要：

目的:采用基因芯片技术,比较RNA干扰法封闭U937细胞中PNAS-2基因前后,与凋亡有关基因的变化情况,从而了解PNAS-2在凋亡通路中的可能定位.方法:将急性单核细胞白血病细胞株U937分别转染已构建的靶向封闭PNAS-2的干扰质粒组和对照质粒组,合并使用流式细胞仪(FCM)筛选出GFP阳性细胞,并运用半定量PCR及实时PCR方法验证RNAi效果.采用affymetrix u133A 2.0基因芯片技术比较2组细胞间基因表达的差异.进一步通过半定量RT-PCR对其中的2条上调基因(IER3、CCL2)和6条下调基因(CASP8、CD74、VEGF、DNASE2、PRTN3、TERT)的表达情况进行验证.结果:半定量及实时PCR检测结果表明,合并使用G418及FCM筛选后得到的转染细胞在90%以上,干扰质粒组对PNAS-2的抑制率达到70%以上;基因芯片筛选结果提示共有1 651条出现上调,1 404条出现下调.其中比值≥2倍的基因共有336条,上调114条,下调222条.根据功能分类初步筛选出与凋亡相关基因共22条,上调基因11条,下调基因11条.RT-PCR检测证实基因芯片结果可靠.结论:抑制PNAS-2表达后促进U937细胞凋亡的机制可能与c-Jun过表达、JNK通路的激活及VEGF基因下调有关.

关键词：基因芯片、RNA干扰、PNAS-2、细胞凋亡

所属期刊栏目：6

分类号：R733.71(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金30670881;上海市教委资助项目05BZ37

在线出版日期：2007-06-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：137-142