加权基因共表达网络分析挖掘老鸦瓣芽茎发育关键基因

摘要：

目的 利用老鸦瓣Amanaedulis各部位及芽茎不同发育时期RNA-Seq及基因表达量数据,挖掘老鸦瓣芽茎发育过程关键基因.方法 通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)法构建网络,根据模块功能富集分析及基因表达模式进行共表达模块和核心基因的筛选.结果 通过基因表达量相关性进一步将网络划分为15个模块,将共表达模块与老鸦瓣芽茎3个发育时期相关联,鉴定到与芽茎发生高度相关的3个模块,即T1 MEplum1模块、T2 MEdarkturquoise模块和T3 MElightcyan模块.对3个模块内的基因进行动态基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)功能富集分析并绘制网络关系图,挖掘出4个与芽茎发育过程相关核心基因(Te_c1647、Te_c3695、Te_c23305、Te_c52282),涉及蛋白质合成、次生代谢产物的糖基化修饰、植物激素调节等.结论 挖掘出的3个共表达模块和4个核心基因有助于进一步阐明老鸦瓣芽茎发育机制.

关键词：老鸦瓣、转录组、加权基因共表达网络分析、芽茎、富集分析、核心基因

所属期刊栏目：54

分类号：R282.12(中药学)

资助基金：国家自然科学基金;中央高校基本科研业务费项目

在线出版日期：2023-03-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1228-1235