基于文献挖掘与分子对接技术的抗新型冠状病毒中药活性成分筛选

摘要：

目的 采用文献挖掘与分子对接技术相结合的方法筛选潜在的中药抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)活性成分.方法 通过近期国家及各权威机构发布的防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)方案的中医方剂以及常用抗病毒中药筛选候选中药,通过TCMSP、CNKI及PubMed搜集整理候选中药活性成分.SARS-CoV-2 3CL水解酶(Mpro)蛋白结构由上海科技大学饶子和院士团队提供.采用AutoDock Vina进行分子对接.结果 通过文献查阅与处方筛选共得到11个高频使用抗病毒待研究中药,通过TCMSP及文献查阅整合得到469个候选活性成分.通过分子对接得到结合能＜-33.44 kJ/mol的成分41个,其中柴胡皂苷(E、B1、D、F、B2、C2、A)、甘草酸等多种成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶蛋白均有较好的亲和力.候选药物中柴胡、甘草、金银花等中药含有较多潜在抗SARS-CoV-2活性成分.结论 从传统抗病毒中药中筛选出潜在的抗SARS-CoV-2中药单体,为抗SARS-CoV-2药物研究及处方筛选提供参考.

关键词：新型冠状病毒、新型冠状病毒疾病、分子对接、文献挖掘、柴胡皂苷E、柴胡皂苷B1、柴胡皂苷D、柴胡皂苷F、柴胡皂苷B2、柴胡皂苷C2、柴胡皂苷A、甘草酸

所属期刊栏目：51

分类号：R282.6(中药学)

资助基金：国家重点研发计划项目2019YFC1712503

在线出版日期：2020-05-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：845-850