石斛属叶绿体DNA序列的系统发育及变异位点分析

摘要：

目的 对石斛属叶绿体IRa (trnV-GAC～trnR-ACG)序列进行系统发育和变异位点分析,深入了解石斛属10个物种此序列所含9个基因的异同,为石斛属植物的系统进化历程及DNA条形码的研究作重要探索.方法 用改良试剂盒法提取石斛属10个样本总DNA,自行设计引物,采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)及T载体对PCR产物进行克隆转化,扩增石斛属叶绿体IRa序列的DNA序列,并与NCBI数据库进行序列比对完成序列拼接;绘制此区域序列的基因结构图,对10条目的序列进行差异位点、遗传距离、系统进化关系等分析.结果 目的序列长约7 800 bp,10条目的序列共存在55个差异位点,在基因trnV-GAC、rrnl6、trnⅠ-GAU、trnA-UGC、orf42、rm23及基因间隔区上分布的个数分别是1、8、12、6、1、9和18个;系统发育分析将石斛属10个样本聚为4个类群.结论 建立了测定石斛属叶绿体IRa序列的方法,对石斛属这一序列的系统发育和变异位点分析表明,此区域序列丰富,且较为集中分布的变异位点将为石斛属DNA条形码的进一步研究、石斛属资源的道地性评价及相关的种质资源鉴定提供较好的理论依据.

关键词：石斛属、叶绿体、IRa序列、测序、系统进化、变异位点、DNA条形码

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分类号：R282.12(中药学)

资助基金：港澳台科技合作专项项目2014DFH30010;广东省省级科技计划科技应用型科技研发专项资金项目2015B020234008;广东省省级科技计划科技基础条件建设领域2014A030304059

在线出版日期：2017-11-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：3605-3611