分子动力学模拟法研究丹参酮ⅡA与胆固醇酯转运蛋白的相互作用模式

摘要：

目的 通过研究丹参酮ⅡA与胆固醇酯转运蛋白(CETP)的相互作用,探索其对CETP的影响模式.方法 基于晶体结构构建丹参酮ⅡA与CETP多种形式的复合结构,并以此为起始结构进行分子动力学模拟,模拟软件为Gromacs 4.0,力场Gromos 96 53a6,温度300 K,模拟时间20 ns,记录轨迹,分析CETP整体形状和局部结构变化,考察丹参酮ⅡA与CETP的相互作用能量.结果 磷酯酰胆碱出口区和空腔都装满后CETP结构比较刚性,单装空腔CETP结构容易变化.对应于CETP框架结构的形态变化,在与不同配体复合形式下CETP两侧的出口区和磷酯酰胆碱出口区以及空腔差异较大,丹参酮ⅡA与CETP相互作用较强的情况出现在2个磷酯酰胆碱出口位置和空腔左侧位置.结论 CETP是一个结构比较容易变化的载体蛋白,受装载配体结构和数量的影响容易发生相应变化,丹参酮ⅡA可能具有通过与磷酯酰胆碱或胆固醇酯共同作用影响CETP的形态,从而抑制其转运的能力.

关键词：丹参酮ⅡA、胆固醇酯转运蛋白、相互作用、转运、分子动力学

所属期刊栏目：44

分类号：R965.1;R977.15(药理学)

资助基金：国家重大新药创制专项2011ZX09401-009,2010ZX09401-307-1-1;天津科技支撑项目10ZCKFSHO1300

在线出版日期：2013-08-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1793-1800