以TRAF2为样本检验证实的一种通过模式关键位点研究未知蛋白质功能的方法

摘要：

目的:以肿瘤坏死因子受体相关因子2(TNF receptor-associated factor,TRAF2)为试验对象验证改良的PROSITE计算机模拟生物学法的正确性,用于探测基因组中大量的未知功能基因.方法:修改PROSITE的模式,并创建相应的数据库,选择模式的关键氨基酸来探索TRAF2的功能.通过利用过滤机制排除干扰因素,模式中的关键位点即可探测蛋白质的主要功能.结果:TRAF2的核心氨基酸位于GLN311到LEU501,其单体状态时无功能,三聚体或六聚体时能行使功能.当它行使功能时,活性位点位于三聚体的中央.且其行使信号转导功能时,会出现在膜附近,这有利于通过细胞骨架与膜结合.此外,相对于比较简单的蛋白质,复杂结构的蛋白质拥有更多的模式,即功能更多.结论:改良的PROSITE法能够探测蛋白质的基本结构类型,从而推断和预测蛋白质的功能;结合其他实验证据,可以方便地探测蛋白质的功能,是一种有效的探索未知功能蛋白质的计算机模拟生物学解决方案.

关键词：肿瘤坏死因子受体相关因子2、活性位点、模式、关键位点

所属期刊栏目：32

资助基金：湖北医药学院科研项目2005ZQZ01

在线出版日期：2013-12-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：403-408