茄科作物基因组内源病毒元件的分析鉴定

摘要：

利用6个茄科物种的35个公开基因组数据进行了茄科基因组内源性病毒元件(endogenous viral element,EVE)的挖掘.结果发现,主要来源于花椰菜花叶病毒科(Caulimoviridae)等共17种疑似的植物EVE.其中,烟草脉明病毒(tobacco vein clearing virus,TVCV)序列以大片段的形式普遍存于几乎所有收集的茄科植物基因组中,含量大约在0.01％～0.32％,片段平均长度范围为500～2 300 bp,序列数量范围为200～5 000条.以马铃薯DM1-3基因组为例分析这些TVCV内源序列的分布和组成,发现内源性TVCV序列在马铃薯DM 1-3的12条染色体上分散排布,平均每条染色体上有57条序列;这些内源病毒序列与TVCV基因组比对,虽然它们无法覆盖TVCV完整基因组序列,但是能够覆盖完整的编码区.进一步通过RT-PCR和原位杂交定位,验证了 TVCV在马铃薯材料中的存在和分布.

关键词：茄科作物、马铃薯、基因组、内源病毒元件、烟草脉明病毒

所属期刊栏目：51

分类号：S641.1

资助基金：国家自然科学基金;现代农业产业技术体系建设专项

在线出版日期：2024-01-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：190-202