苹果Trihelix转录因子家族生物信息学鉴定与基因表达分析

摘要：

利用生物信息学方法在苹果全基因组中鉴定了Trihelix转录因子基因,对基因结构、染色体的定位,以及其对应蛋白的理化性质、保守基序和进化关系等进行了分析;同时基于基因芯片表达数据和qRT-PCR分析,明确了苹果Trihelix在不同组织和逆境胁迫下的差异表达情况.通过分析,共鉴定得到了39个苹果Trihelix转录因子,其蛋白质的大小介于227～917 aa,分子量介于25.751 ～ 101.294kD,等电点介于4.78 ～ 9.80.根据进化关系将其分为5个亚族,分别为GT-1、GT-2、GYγ、SIP1和SH4,亚族内部分成员的基因结构相似.基于MEME程序分析苹果Trihelix转录因子家族的保守基序与聚类分析结果具有较高的一致性.启动子上游l kb区域顺式作用元件分析表明MdTrihelix1、MdTrihelix19在CGTCA-moti上,MdTrihelix6、MdTrihelix13在ABRE上,MdTrihelix2、MdTrihelix7、MdTrihelix14和MdTrihelix16在GT1-motif上的响应均较高.基因芯片表达发现,Trihelix38、Trihelix14、Trihelix9和Trihelix11在花、果实、叶、茎、根、种子和幼苗中几乎不表达,其余35个基因在多种组织中均存在一定水平的表达,对花和果实表达上调的基因中除Trihelix36属于GT-1亚家族外,其余都属于GT-2亚家族和SIP1亚家族成员.通过qRT-PCR分析,检测到33个MdTrihelix在响应逆境胁迫应答方面表现出多样性.

关键词：苹果、Trihelix、转录因子家族、生物信息学、表达分析

所属期刊栏目：46

分类号：S661.1(果树园艺)

资助基金：甘肃省科技重大专项18ZD2NA006;国家自然科学基金项目31860530

在线出版日期：2020-01-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共17页

页码：2082-2098