紫背天葵高通量转录组测序分析

摘要：

为探讨紫背天葵(Gynura bicolor)花青素等物质合成的遗传基础,采用高通量测序技术(Illumina HiSeq 2500)对其嫩叶进行转录组测序,共获得21387624个序列读取片段(reads),将测序数据进行序列组装后,获得33 314个单基因簇(Unigene),其中超过1 kb的7 792个Unigene中共检测到2 387个SSR位点.对所得Unigene进行不同数据库注释,22048和14417个Unigene分别在Nr和SwissProt数据库有同源比对信息,并发现有29个Unigene与花青素合成相关;Pfam功能注释到13 909个Unigene分为5 198类相关蛋白功能区域,有12个Unigene涉及到花青素合成;GO注释到11 613个Unigene分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类51个功能组,有24个Unigene与花青素合成有关;COG注释到的6 589个Unigene功能系统分为24类,而KOG注释到的13 498个Unigene功能系统分为25类;以KEGG数据库为参考,将4 466个Unigene定位到108个代谢途径分支,其中有47个Unigene与类黄酮生物合成相关.

关键词：紫背天葵、转录组、测序、基因分析、功能注释

所属期刊栏目：43

分类号：S567(经济作物)

资助基金：福建省自然科学基金项目2013J01097;福建省科技创新平台建设项目2014N2006;福建省财政专项—省农业科学院科技创新团队项目CXTD-2-1320;福建省农业科学院青年英才计划项目YC2015-19

在线出版日期：2016-06-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：935-946