10.16420/j.issn.0513-353x.2014-0882
刺梨转录组SSR信息分析及其分子标记开发
利用MISA软件筛选刺梨(Rosa roxburghii Tratt)转录组测序获得的106 590条Unigene,共检测出21 711个SSR位点,分布于18 155条Unigene中,出现频率为20.37％,平均分布距离为1.68 kb.优势重复基序为三核苷酸、四核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR位点的26.87％、26.77％和24.93％.AG/CT与AAG/CTT分别是二核苷酸与三核苷酸的优势重复基元,分别占总SSR重复类型的17.80％和11.55％.以不同主导重复基元类型设计合成42对SSR引物,并以刺梨及其他蔷薇属种质的基因组DNA为模板对其有效性及通用性进行初步验证,筛选出具有清晰扩增产物的引物23对,并且均在同属材料中通用.选取16份贵州刺梨资源对筛选出的引物进行多态性检测,获得12对具有多态性的引物.以上结果表明,刺梨转录组测序产生的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为刺梨及其近缘种的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择.
刺梨、SSR、转录组
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S661.9(果树园艺)
国家自然科学基金项目31360475;贵州省重大科技专项项目黔科重大专项字20136006-1;贵州大学研究生创新基金项目研农2014004
2015-04-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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