lncRNA MRAK048635_P1对血管平滑肌细胞miRNA的调控作用

摘要：

目的 旨在预测VSMC细胞中MRAK048635_P1参与调控的miRNAs并对其靶基因进行系统的生物学分析.方法 利用特异性siRNA敲减来自正常大鼠胸主动脉VSMC中的MRAK048635_P1基因.整体层次聚类分析用于判断各组中差异表达的miRNAs.应用miRanda、PITA和RNAhybrid预测差异表达的miRNAs的靶基因并取其交集作为分析的基因集合,分别进行gene ontology(GO)中的细胞组分(cellular component,CC)、分子功能(molecular function,MF)和生物学过程(biological process,BP)分析.最后,对差异表达的miRNAs的靶基因进行kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG)生物通路富集分析.结果 siRNA介导VSMC细胞MRAK048635_P1下调后,共有12个差异表达的miRNAs,其中上调和下调的miRNAs个数分别为5和7.差异表达的miRNAs的靶基因共5066个.GO富集分析发现其中的302个基因主要富集于VSMC分化(如G pro-tein-coupled estrogen receptor 1,Gper1),血管内皮迁移的负调控、心血管系统发育、信号受体活性、核染色质和蛋白结合以及免疫应答等.KE GG富集发现这些靶基因显著富集于轴突导向、昼夜节律、N-糖基生物合成、内吞蛋白加工、内质网矿物吸收、鞘脂代谢和核糖体生物合成等相关通路(P<0.05).结论 在VSMC中,MRAK048635_P1可能通过与多种miRNAs相互作用而参与相关靶基因的调控,对于MRAK048635_P1的深入研究有助于揭示VSMC在高血压病中的作用机制.

关键词：lncRNA、MRAK048635_P1、miRNAs、靶基因、VSMC、生物信息学

所属期刊栏目：49

分类号：R318.04(医用一般科学)

资助基金：国家自然科学基金资助项目81570208

在线出版日期：2020-06-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：58-64