小鼠胚胎成纤维细胞内质网应激反应中的长链非编码RNA表达谱及生物信息学研究

摘要：

目的 探究内质网应激反应也称为未折叠蛋白效应( unfolded protein response , UPR)激活后小鼠胚胎成纤维细胞(mouse embryonic fibroblasts, MEFs)的长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)表达谱.方法 分离13天的小鼠胚胎获得并培养MEFs,采用内质网应激反应诱导剂衣霉素(tunicamycin)处理细胞16h后发生UPR;以未处理的MEFs作为阴性对照,采用基因芯片技术检测lncRNA表达谱,实时荧光定量PCR( real-time PCR)验证lncRNA芯片结果并进行生物信息学分析. 结果与未使用衣霉素处理的MEFs相比,衣霉素处理的MEFs有411个lncRNAs表达量出现显著上调,790个lncRNAs出现显著下调;实时荧光定量PCR验证部分lncRNAs表达结果与芯片一致;高级生物信息学分析分析了显著变化的lncRNAs并提示它们可能参与了细胞内许多生物学过程的调控. 结论 lncRNA 表达谱及生物信息学分析提示lncRNA在UPR激活后的细胞功能中可能发挥重要作用.

关键词：长链非编码RNA、内质网应激反应、基因芯片、生物信息学

所属期刊栏目：44

分类号：R2(中国医学)

在线出版日期：2015-07-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：61-66