基于生物信息学筛选膀胱癌预后相关的关键miRNAs并验证

摘要：

目的 筛选并分析与膀胱癌预后相关的关键microRNAs(miRNAs)及其靶基因并进行实验验证.方法 从TCGA数据库中下载膀胱癌及正常组织的miRNAs数据及相应的预后信息;利用edgeR包、survival包获取既存在表达差异又有OS临床预后意义的miRNAs分子;将优选的miRNAs进行临床相关性分析,得到关键miRNAs.利用3大常用miRNA预测靶基因的数据库(miRDB、miRWalk、TargetScan)预测关键miRNAs的靶基因,采用DAVID数据库对靶基因进行GO和KEGG富集分析.qRT-PCR检测关键miRNA在膀胱癌细胞中的表达水平;通过转染过表达T24细胞中miR-1307-5p和miR-944,检测细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡能力的变化.结果 从TCGA数据库中共下载418例膀胱癌及19例正常对照的miRNA数据,共筛选出293个差异miRNAs,高表达224个和低表达69个.通过单因素分析优选出与患者预后显著相关的9个miRNAs分子,进一步分析出与患者临床病理信息密切相关的2个miRNA,分别为miR-1307-5p和miR-944.GO和KEGG分析显示,这些miRNAs的靶基因主要与细胞内的细胞质、细胞器以及金属阳离子的结合有关,并且参与了多种与致癌相关的信号通路.qRT-PCR分析显示,miR-944在膀胱癌细胞中的表达下调(P<0.05),miR-1307-5p的表达水平无明显变化(P>0.05);过表达miR-944可抑制膀胱癌细胞增殖、迁移和侵袭,促进细胞凋亡,但过表达miR-1307-5p后膀胱癌细胞的增殖、迁移、侵袭和凋亡无明显变化.结论 基于生物信息学分析获得具有重要临床意义的2个关键miRNAs分子,分别是miR-1307-5p和miR-944,其中miR-944可以抑制膀胱癌细胞的生物行为,可能作为膀胱癌潜在的治疗靶点.

关键词：膀胱肿瘤、miRNA、生物信息学、miR-944

所属期刊栏目：35

分类号：R737.14(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金;安徽省卫生健康委员会科研项目;蚌埠医学院研究生创新计划

在线出版日期：2023-01-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1-8