IncRNA-HMGCS1的靶基因预测及信号通路富集分析

摘要：

目的 运用生物信息学方法,分析长链非编码RNA-HMGCS1在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,阐述IncRNA-HMGCS1在细胞内的功能作用.方法 在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中分别以IncRNA-HMGCS1作为目标基因,搜索与其结合的所有miRNAs,将2个数据库搜索的结果取交集,得到候选miRNAs.在Starbase3.0数据库中预测miRNAs的靶基因,并在DAVID数据库进行GO功能注释和Pathway通路富集.结果 miRDB数据库预测到95个miRNA与lncRNA-HMGCS1相作用,Starbase3.0数据库预测到167个miRNA与之相作用,选取2个数据库的交集共14个miRNA;GO功能注释显示14个miRNA的靶基因主要分布在转录调控、转录因子结合及细胞双链DNA结合等方面,生物学过程主要分布在细胞内转运,内质网-高尔基复合体物质转运等功能方面,信号通路富集结果主要分布在细胞衰老、细胞节律、细胞长时程增强以及泛素介导的蛋白降解方面.结论 长链非编码RNA-HMGCS1调控的细胞内靶基因及信号通路主要包括内质网-高尔基复合体物质转运、细胞衰老、细胞节律、细胞长时程增强以及泛素介导的蛋白降解等方面,进而调控细胞的生理和病理过程.

关键词：生物学功能、靶基因、IncRNA-HMGCS1、内质网-高尔基复合体

所属期刊栏目：35

分类号：Q343.1(遗传学分支学科)

资助基金：南充市科技局项目;南充市科技局项目

在线出版日期：2022-10-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：7-11