基于SMRT测序技术的塔里木马鹿冬季肠道菌群多样性分析
为探究塔里木河流域塔里木马鹿(Cervus elaphus yarkandensis)冬季肠道菌群群落结构、多样性与功能,采用PacBio平台的单分子实时测序技术(single molecule real-time sequencing,SMRT)对塔里木河上游湿地自然保护区采集并筛选的25份塔里木马鹿粪便样本的16S rRNA基因全长进行测序,共获得298 578个clean reads,clean reads聚类获得28 026个OTU,包括25门684属.Alpha多样性分析结果显示,塔里木马鹿冬季肠道菌群Shannon指数为(7.764±0.044),Simpson指数为(0.015±0.001),Chao1指数为(12 242.668±695.106),ACE指数为(9 366.423±407.612).塔里木马鹿优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes,60.51%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,26.02%)、变形菌门(Proteobacteria,3.61%)、疣微菌门(Verrucomicrobia,1.57%)和浮霉菌门(Planctomycetes,1.46%).相对丰富度在前10的菌属为Papillibacter(5.48%)、拟杆菌属(Bacteroides,5.12%)、Muribaculum(4.69%)、Phocaeicola(4.49%)、Lawsonibacter(4.31%)、瘤胃球菌属(Ruminococcus,4.09%)、Intestinimonas(3.06%)、普氏菌属(Pre-votella,2.87%)、克里斯滕森菌属(Christensenella,2.71%)和弯曲杆菌属(Campylo-bacter,2.54%).PICRUSt 16S功能预测结果表明,塔里木马鹿肠道菌群基因功能主要富集于新陈代谢(48.58%)、遗传信息处理(19.04%)和环境信息处理(12.08%);其中新陈代谢主要以碳水化合物代谢(9.47%)、氨基酸代谢(9.93%)为主,并且环境信息处理的膜转运(9.96%)基因相对丰富度最高.研究揭示了野生塔里木马鹿冬季肠道菌群特征和功能,为塔里木马鹿野生种群的保护提供基础数据.
塔里木马鹿、肠道菌群、单分子实时测序(SMRT)、PICRUSt功能预测
45
Q938(微生物学)
新疆维吾尔自治区自然科学基金;新疆大学科研启动项目;新疆大学自治区级大学生创新训练计划项目
2024-02-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共9页
58-66
