食蟹猴全基因组微卫星分布特征分析

摘要：

微卫星广泛存在于真核生物和原核生物基因组中,是较为理想的分子标记.食蟹猴是生物医学研究领域中重要的灵长类动物模型,而食蟹猴基因组微卫星研究有助于筛选和开发更多的微卫星标记.利用生物信息学软件对食蟹猴全基因组微卫星进行了搜索,共搜索到微卫星总数为1284929个,微卫星序列长度为26044651 bp,占全基因组的0.890％.整个基因组微卫星平均丰度是451.3个/Mb,平均密度9118.7 bp/Mb.不同重复类型微卫星表现为单碱基(56.74％)＞四碱基(16.72％)＞二碱基(16.67％)＞三碱基(5.96％)＞五碱基(3.35％)＞六碱基(0.56％).不同染色体上微卫星数量上,以1号最多,其次是3号,最少的是18号.染色体上微卫星丰度、密度与染色体GC含量呈显著线性正相关(P＜0.01),而与微卫星GC含量呈显著线性负相关(P＜0.01).食蟹猴基因组微卫星数量排名前5位的拷贝类别依次是A、AC、AAAT、AG、AT,数量优势单碱基、二碱基、三碱基、四碱基、五碱基和六碱基分别是A、AC、AAT、AAAT、AAACA和AAACAA.

关键词：食蟹猴、微卫星分布、基因组

所属期刊栏目：39

分类号：Q953(动物学)

资助基金：江西省主要学科学术和技术带头人项目20153BCB22007;江西省科研院所基础设施配套项目20151BBA13037;江西省林业科学院青年科技人才培养项目2018521602

在线出版日期：2018-06-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：400-404