云南不同地区蜘蛛兰上朱顶红褪绿环斑病毒RNA S序列分析

摘要：

朱顶红褪绿环斑病毒(Hippeastrum chlorotic ringspot virus,HCRV)是2013年首次发现并报道的番茄斑萎病毒属(Tospovirus)的新种,该病毒可引起蜘蛛兰产生同心环纹、叶片畸形、坏死斑等症状.本研究从云南省不同地区选出6份HCRV单独侵染的蜘蛛兰样本,通过RT-PCR、克隆、转化、测序和拼接,获得6份样本的HCRV分离物RNA S序列.6个分离物S序列长度在2714～2747 nt之间,其上编码的非结构蛋白NSs(Nonstructural protein by the S RNA)的NSs基因是1 332 nt,编码N(Nucleocapsid)蛋白的N基因是825 nt.通过生物信息学分析,确定了不同HCRV株系间的关系.同时对S RNA序列及其所编码的非结构蛋白NSs及核壳体蛋白N进行突变和重组分析,确定这6个HCRV分离物的RNA S序列均存在突变和重组事件.结合6个分离物采集地的环境信息,可以看出气候类型、温度等环境差异很大,因此推测云南省多样的气候类型跟HCRV在云南省的广泛分布有关,在这6个HCRV分离物中检测到的快速突变和重组可能是导致HCRV快速适应不同环境,分布范围广泛的原因之一.最后,通过系统进化分析,推测采集自云南省保山市的HLS-TCRH是6个HCRV分离物中最先开始进化的,由它分为两个进化支,一支包括玉溪的YN-YX-HT-1和德宏瑞丽的HLS-YNRL-1,另一支包括昆明的HLS-YL,红河的HLS-HHXY以及临沧的HLS-LC-YLHW.

关键词：蜘蛛兰、番茄斑萎病毒属、朱顶红褪绿环斑病毒、突变、重组

所属期刊栏目：32

分类号：S436.81(病虫害及其防治)

资助基金：国家自然科学基金项目31260451,31471828;云南省重点新产品开发计划项目2014BB005;国家级大学生创新项目201510676002;云南省大学生创新项目2016106760015;云南农业大学研究生创新项目2015ykc16

在线出版日期：2017-06-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：218-225