基于癌症基因组图谱和Oncomine数据库膀胱尿路上皮癌生物信息学分析

向茂林徐勇柳成孟段红桃汤乘瞿根义阳光

株洲市中心医院;

摘要：

目的 通过癌症基因组图谱(TCGA)和Oncomine数据库深入挖掘膀胱尿路上皮癌发生的关键基因.方法 从TCGA数据库中下载膀胱尿路上皮癌RNA测序数据,利用R软件对膀胱尿路上皮癌与癌旁正常组织进行比较,获取差异表达基因,结合用于基因注释、可视化和集成发现的数据库(DAVID)和功能蛋白协作网络(STRING)中的在线生物信息学工具,对差异表达基因进行功能富集分析和调控网络分析,并构建蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络,进一步利用Cytoscape软件中的Cytohubba进行关键(Hub)基因筛选.通过Oncomine数据库对Hub基因进行Meta分析,获取关键基因.结果 共筛选出膀胱尿路上皮…展开v

关键词：癌症基因组图谱数据库、Oncomine数据库、膀胱尿路上皮癌、生物信息学分析、关键基因

所属期刊栏目：19

资助基金：湖南省科技创新计划项目;株洲市科技计划项目

在线出版日期：2020-08-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：823-827