三角帆蚌 GPX 基因结构特征及抗性相关 SNP 的筛选

摘要：

根据三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)谷胱甘肽过氧化物酶(Glutathione peroxidase,GPX)基因 cDNA 序列,通过 PCR 和基因组步移法,从三角帆蚌基因组 DNA 中扩增出 GPX 基因全长及其 5′调控区.序列分析表明,该基因序列全长 6 708 bp,含有 2 个外显子,1 个内含子.5′调控区为 992 bp,含有启动子的核心序列 TATA 盒 以及其他一些转录调控元件,如 AP1、C/EBP、CdxA.2 个外显子长度分别为 273 bp 和 991 bp,内含子长度为 4 491 bp.通过直接测序法在三角帆蚌抗性群体和易感群体中筛选 GPX 基因的 SNPs,并研究这些多态性位点 与抗逆性状的相关性.共获得了 16 个 SNP 位点,其中启动子区的 A-99G 位点、A-86C 位点、A-49C 位点,内 含子区的 A2841T 位点、C2847T 位点、G3146C 位点、A3150G 位点以及 G4645T 位点共 8 个 SNP 位点的基因 型频率和等位基因频率在抗性和易感群体中均存在显著性差异(P<0.05).连锁不平衡分析结果显示 GPX 基因 A-86C 位点、A-49C 位点、C2847T 位点、A3150G 位点与 G4645T 位点之间,以及 A2841T 位点与 G3146C 位 点之间均存在强连锁不平衡.同时单倍型分析发现,在抗性群体中单倍型分别为 ACTGT 和 TG 的个体出现的 频率显著高于易感群体中出现的频率.这些结果表明,GPX 基因的部分 SNPs 可作为三角帆蚌抗病辅助育种的 候选分子标记.

关键词：三角帆蚌、GPX基因、SNP、抗性性状

所属期刊栏目：34

分类号：S91;R54

资助基金：国家自然科学基金项目31101939;上海市教委科研创新重点项目1322128上海市科委基础研究重点项目

在线出版日期：2012-12-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1456-1464