蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性分析

摘要：

为了解蒜头果叶绿体基因组密码子的使用偏性,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对蒜头果叶绿体基因组中33个基因的密码子进行中性绘图,应用ENC-plot、PR2-plot绘图分析并确定了其最优密码子.结果 表明:蒜头果叶绿体基因组密码子的第3位碱基GC含量为28.43％,远低于第1位(47.74％)和第2位(41.05％),RSCU值大于1的密码子有30个,其中12个以A结尾,16个以U结尾,说明蒜头果叶绿体基因组的编码基因偏好以A和U结尾.GC12和GC3的相关系数为0.1646,相关性不显著,回归系数为0.0004;有效密码子数(ENC)范围为40.39～54.86,大于45的有25个,ENC比值主要分布在-0.05～0.05之外.蒜头果叶绿体基因组中的大部分基因分布在PR2平面图的下半部或右下半部,说明蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性更多地受选择的影响,同时亦受其他因素的影响.蒜头果叶绿体基因组的最优密码子确定为UUU、UUA、GUA等18个.

关键词：蒜头果、叶绿体、基因组、密码子、偏好性

所属期刊栏目：41

分类号：S792;Q781(森林树种)

资助基金：国家自然科学基金;云南省应用基础研究计划;云南省应用基础研究计划;云南省林业和草原科学院分子生物学研究团队资助

在线出版日期：2021-05-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：15-22