印迹基因GRB10来源的环状RNA hsa_circ_0008334的特征分析及功能预测

摘要：

目的 旨在研究由印迹基因GRB10转录而来的环状RNA hsa_circ_0008334的基本特征和功能预测.方法 通过PCR扩增和一代测序、RNase R处理以及细胞质细胞核分布来研究hsa_circ_0008334的基本特征.此外,利用生物信息学方法预测hsa_ circ_ 0008334上结合的miRNA,并进而预测miRNA的靶基因,构建circRNA-miRNA-mRNA网络,利用STRING数据库构建靶基因蛋白的交互作用网络,并对靶基因进行功能富集分析.结果 hsa_ circ_ 0008334是由GRB10基因第5号外显子反向剪接至第4号外显子形成,抵抗RNase R处理,主要分布于细胞质中.生信预测hsa_circ_0008334通过作为hsa-miR-1265、hsa-miR-187-3p、hsa-miR-586、hsa-miR-604、hsa-miR-941五个miRNA的海绵来发挥作用;五个miRNA的靶基因在对凋亡、细胞程序性死亡、代谢过程等的正向调控和负向调控的生物过程显著富集.结论 成功分析了GRB10基因的新型环状RNA hsa_ circ_0008334的基本特征,从circRNA-miRNA-mRNA角度为hsa_circ_0008334的功能研究提供了新的见解,扩充了GRB10基因的相关研究.

关键词：GRB10、环状RNA、hsa_ circ_0008334、miRNA、功能预测

所属期刊栏目：21

分类号：R394-33

资助基金：国家自然科学基金项目;广东省教育厅特色创新项目

在线出版日期：2021-04-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：139-144