基于高通量测序技术的藏系绵羊瘤胃与粪便微生物群落结构差异分析

摘要：

为探究藏系绵羊瘤胃和粪便的微生物群落结构特征及差异,以5只6月龄体况相近及体质量为(21.50±0.59)kg的藏系绵羊为研究对象,分别采集其瘤胃液和粪便样品,利用高通量测序技术对16S rRNA基因V3-V4区段进行测序和生物信息学分析.结果 表明,从藏系绵羊瘤胃液和粪便10个样品中共获得729 326条原始序列,经过滤后平均每个样品产生(64 145±320)条优化序列,平均长度(435.20±2.78) bp,聚类后共得到1 207个OTU.藏系绵羊瘤胃微生物的Chao 1指数和ACE指数显著高于粪便微生物,而Simpson指数和Shannon指数在两组之间差异均不显著,且两组的菌群结构有显著分化.在门分类水平上,瘤胃中相对丰度最高的优势菌门为拟杆菌门,粪便中相对丰度最高的优势菌门为厚壁菌门;在属分类水平上,瘤胃中相对丰度最高的属为细菌和普雷沃氏菌属_1,粪便中相对丰度最高的属为瘤胃球菌科Ruminococcaceae_UCG_010.对瘤胃和粪便的微生物群落进行功能预测,发现有显著性差异的代谢通路34个,主要富集在代谢、遗传信息处理、环境信息处理和细胞过程方面.说明藏系绵羊瘤胃和粪便的微生物在结构组成、相对丰度,以及基因功能等方面相对稳定且存在较大差异,这可能是不同胃肠道区段涉及的生理功能不同导致的.

关键词：高通量测序、藏系绵羊、瘤胃、粪便、微生物

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分类号：S826(家畜)

资助基金：中国科学院“西部青年学者”B类项目2017;青海三江源生态保护和建设二期工程科研和推广项目;国家重点研发计划项目;中国科学院战略先导A类项目;青海省科技创新平台建设项目

在线出版日期：2020-06-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：659-667