食管鳞癌放射敏感性及预后的基因组学预测分析:基于生物信息学分析的证据

摘要：

目的 探寻影响食管鳞状细胞癌放射敏感性及预后的关键基因,从基因组学水平揭示食管鳞状细胞癌放射治疗差异的相关因素.方法 从基因芯片公共数据库Gene Expression Omnibus(GEO)中下载食管鳞癌接受放射治疗的相关芯片数据(GSE45670),采用limma程序包鉴定放射治疗病理学完全反应(pathological complete response,pCR)组和无反应(not pathological complete response,npCR)组基因的差异倍数,利用GSEA分析技术筛选并富集放射敏感性相关基因.从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库中下载食管鳞癌的基因表达谱数据和临床资料,采用edgeR程序包鉴定肿瘤组织和正常组织间的差异基因.综合分析2个数据库,利用STRING数据库构建蛋白互作网络,并基于核心基因表达水平的高低分析患者的预后数据.结果 GSEA表明GSE45670中放射治疗pCR和npCR组基因主要在细胞周期、DNA复制等生物学特征差异具有统计学意义(名义P值<0.05且错误发现率FDR<0.25),共鉴定出70个放射敏感性相关基因;edgeR分析,TCGA中食管鳞癌与正常组织间共筛选出4855个差异基因.综合两者及STRING数据库,共有46个基因与食管鳞癌发生及放射敏感性均相关,可以作为候选基因.进一步生存分析表明,PRIM1、PRKDC在肿瘤组织中和pCR组均高表达,且预后较好(P<0.05).结论 综合GEO和TCGA数据库,46个基因与食管鳞癌的发生及放射敏感性有关,26个基因可为核心基因,其中PRKDC、PRIM1在pCR组高表达且与预后良好相关.

关键词：食管鳞状细胞癌、放射敏感性、生物信息学分析、预后

所属期刊栏目：41

分类号：R735.1(肿瘤学)

资助基金：陕西省重点研发计划重点资助项目No.2018ZDXM-SF-043

在线出版日期：2020-09-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：651-658