鸽新城疫病毒BJ-C分离株基因组测序及系统发育分析

摘要：

[背景]鸽新城疫是由鸽Ⅰ型副黏病毒(pigeon paramyxovirus type Ⅰ,PPMV-1)感染引起的危害最严重的疫病之一,至今尚无有效的防控制剂.[目的]分析鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组信息及系统发育关系,为鸽新城疫的防控提供科学依据.[方法]设计首尾重叠的6对特异性引物,利用分段扩增的方法,以鸽新城疫病毒BJ-C株基因组cDNA为模板,分别扩增、测序后进行全基因组序列拼接.以NCBI数据库中发布的新城疫病毒序列为参考,针对鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组、F基因建立系统发育树.[结果]鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组全长为15 192 nt.基于全基因组的系统发育分析发现其与PPMV-1/BJ-01/CH株的系统发育关系最近,核苷酸相似性为99.96％,氨基酸相似性高达100％,属于同一个分支,而与LaSota疫苗株等其他新城疫毒株的亲缘关系相对较远.基于F基因序列的系统发育树分析发现BJ-C株F基因与我国的BJP2013株同属一个分支.Class Ⅱ类Ⅵ亚型F基因高变区序列(47-420 nt)比对结果显示,安徽株Pigeon/Anhui/2369/2012、广东株 Pigeon/Guangdong/GZ288/2013、北京株 BJP13、浙江株 Pigeon/Zhejiang/2036/2012 及比利时株PPMV-1/Belgium/11-09620/2011等与BJ-C毒株处于同一个分支,同属Ⅵb亚型.[结论]本研究获得了鸽新城疫病毒BJ-C株全基因组序列,分析了其系统发育关系,确定其属于Class Ⅱ类Ⅵb型,为后续防控产品的开发提供了理论依据.

关键词：鸽新城疫病毒、全基因组测序、F基因、系统发育分析

所属期刊栏目：49

分类号：S852.65;Q93;TP301.6

资助基金：中国农业科学院创新工程计划ASTIP-IAS15

在线出版日期：2023-02-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：5034-5044