南海硇洲岛潮汐带栉江珧可培养细菌的系统发育多样性

摘要：

[目的]研究南海硇洲岛潮汐带栉江珧(Atrina pectinata)样品相关可培养细菌的多样性.[方法]采用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析,法对样品中可培养细菌(含放线菌)的类群多样性、物种多样性和遗传多样性进行研究.[结果]用补充0-25％(质量体积比) NaC1的MA、MH和NA培养基从栉江珧样品中分离到125株细菌.在形态观察和部分生理生化实验结果的基础上去冗余,选取90个代表性菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育多样性分析.结果表明,这90个分离菌株分属于3个大的系统发育类群(Gamma-proteobacteria、Firmicutes、Actinobacteria)、6个科、10个属,可分为33个物种.优势类群为厚壁菌门(Firmicutes) (56株,62.2％)和γ-变形杆菌亚门(Gamma-proteobacteria) (31株,34.5％).大多数菌株与其系统发育关系最密切的已知物种的典型菌株之间存在一定的遗传差异(16S rRNA基因序列相似性为95.7％-99.9％),其中有5株可能代表新的分类单元(Potential new mxa).分析表明,菌株JSM 112024可能代表了盐单胞菌科(Halomonadaceae)的一个属一级新分类单元;菌株JSM 112019、JSM 114045、JSM 114058和JSM 114083可能分别代表盐弧菌属(Salinivibrio)、芽孢杆菌属(Bacillus)、盐单胞菌属(Halomonas)和枝芽孢菌属(Virgibacillus)的新物种.[结论]湛江硇洲岛潮汐带栉江珧中存在较为丰富的可培养细菌物种多样性和系统发育多样性,并潜藏着较多的新微生物类群(物种).

关键词：南海、栉江珧、可培养细菌、16S rRNA基因、系统发育分析、生物多样性

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资助基金：国家自然科学基金项目No.30970007,31460004;国家973计划项目No.2010CB833800;湖南省重点学科建设项目No.JSU071312Z01;湖南省高校科技创新团队支持计划No.201208Z01

在线出版日期：2014-12-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：2216-2226