胃癌肿瘤突变负荷的miRNA预测模型的构建和验证

摘要：

背景:肿瘤突变负荷(TMB)是一个很有前途的预测因子,根据TMB水平的高低,可以一定程度上预测肿瘤患者应用免疫检查点抑制剂(immunecheckpoint inhibitors,ICI)治疗的效果.miRNA作为在抗癌免疫反应中的关键调节因子,与胃癌患者TMB水平之间的关系尚不明确.目的:通过分析TCGA中胃癌患者测序数据及临床数据构建胃癌患者TMB预测模型并加以验证.方法:通过将在TCGA数据库中的胃癌患者的TMB高低分为TMBhigh组和TMBlow组,根据两组的表达差异分析得到两组间差异表达miRNA(DEmiRNA).将胃癌数据随机分为训练组及检验组,使用训练组数据通过最小绝对收缩和选择算子(LASSO)方法构建预测TMB水平的miRNA预测模型,并使用检验组数据进行验证.对筛选出的相关miRNA进行功能富集分析,并分析所选miRNA与3个免疫检查点的相关性.结果:54个DE miRNA中有20个被鉴定为TMB相关miRNA,用于开发miRNA预测模型.该miRNA预测模型在验证队列中预测效果较强(AUCtest集=0.923).功能富集结果表明,这些TMB相关的miRNA主要参与与免疫反应相关的生物学过程以及与癌症相关的信号通路.该miRNA相关表达特征显示与PD-L1(CD274)(R=0.36,P＜0.01)中度正相关和PD-1(SNCA)(R=-0.31 P＜0.01)中度负相关,与CTLA4呈正相关(R=0.14,P＜0.01).结论:本研究构建了一种miRNA预测模型,可以对不同TMB水平的胃癌患者进行分层

关键词：胃癌、免疫检查点抑制剂、miRNA、TCGA、肿瘤突变负荷

分类号：R735.2;TP302.8;O621.3+3

资助基金：青岛市医疗卫生A类重点学科-消化内科项目A2020Y04-2022

在线出版日期：2023-07-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：43-54