应用基因芯片技术筛选结直肠癌中差异DNA甲基化位点

摘要：

背景:DNA甲基化作为表观遗传学修饰的重要组成部分,与结直肠癌等多种肿瘤的发生、发展密切相关,但具体作用机制尚未完全明确.筛选特异性甲基化基因和构建肿瘤的甲基化表达谱已成为当前研究热点.目的:应用基因甲基化芯片技术初步筛选结直肠癌组织与癌旁正常黏膜组织间差异甲基化位点,构建特异性结直肠癌差异甲基化基因谱.方法:应用甲基化450K芯片技术对6例结直肠癌及其癌旁组织进行甲基化分析,共分析位点431 467个,按P值筛选出异常甲基化位点,按甲基化β值差值区分高甲基化位点和低甲基化位点;对筛选出的差异甲基化位点进一步行GO分析和KEGG分析,了解差异甲基化位点的功能.结果:共检出结直肠癌和癌旁正常组织显著差异的甲基化位点3 649个,其中高甲基化位点1 259个,主要分布于基因启动子区和基因体,筛选出特异的SLC15A3等高甲基化基因;低甲基化位点共2 390个,主要分布于基因间区和基因体,筛选出特异的ACOT2、TTLL8、UHRF1等低甲基化基因.GO分析和KEGG分析发现,这些基因功能与DNA结合、转录因子活性、信号转导通路等有关.结论:结直肠癌和癌旁正常组织存在大量差异甲基化位点,提示DNA异常甲基化与结直肠癌的发生、发展密切相关.基因芯片技术可用于结直肠癌差异甲基化位点的初筛,但构建结直肠癌差异甲基化谱作为临床分子标记物仍需行进一步验证.

关键词：DNA甲基化、结直肠肿瘤、芯片分析技术

所属期刊栏目：23

资助基金：上海市科学技术委员会15DZ1940202

在线出版日期：2018-08-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：330-335