龙胆目查尔酮合成酶的生物信息学分析

摘要：

目的 运用生物信息学方法分析GenBank中登录的4种龙胆目植物的5个查尔酮合成酶基因(CHS).方法 分别用ExPASy ProtParam Tool、Prot Scale和Mega等软件,对5个基因的理化性质、跨膜结构、蛋白质二级结构和三级结构及结构域进行了分析和预测,并利用距离矩阵方法中的邻接法构建CHS系统发育树.结果 与结论龙胆目CHS基因编码区(CDS)的全长均为1 170 bp,大约编码389个氨基酸;其中只有华北白前的氨基酸序列预测结果是不稳定蛋白质,另外4个均为稳定的蛋白质;5个都是疏水性蛋白质;二级结构中主要结构元件是α螺旋和不规则卷曲;都具有查尔酮合成酶蛋白典型的结构域;利用同源建模的方法预测了三维结构,与预测的二级结构结果相一致;均无信号肽和跨膜结构.根据CHS蛋白的氨基酸序列对龙胆目及另外62种植物进行了系统分析,四种植物的氨基酸序列聚在一起,它们与唇形目和茄目的同源关系较近,得到的这些相关信息可以为之后进一步的研究奠定基础.

关键词：龙胆目、查尔酮合成酶、生物信息学

所属期刊栏目：37

分类号：Q55(酶)

资助基金：国家民族事务委员会中青年英才培养计划;国家自然科学基金;国家自然科学基金;教育部重点实验室自主研究基金;高等学校学科创新引智计划计划

在线出版日期：2020-06-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：21-30