基于生物信息学技术分析老年自发性脑出血的相关通路及关键基因

摘要：

目的 基于生物信息学技术分析老年自发性脑出血的相关通路及关键基因.方法 2021年9—10月,从基因表达数据库(GEO)下载GSE24265数据集,从其中选取4个血肿周围区域样本作为实验组,相应的4个对侧灰质样本作为对照组.采用R软件及相关安装包进行数据预处理、差异基因的筛选和GO功能、KEGG通路富集分析及基因集富集分析(GSEA),采用STRING数据库对差异基因制作蛋白质互作网络(PPI),采用MCOD、cytoHubba插件进行关键基因的筛选,利用韦恩图在线工具确定老年自发性脑出血的关键基因.结果 箱式图分析结果显示,各个样本中位数基本在一个水平线上,提示样本间归一化程度好;主成分分析(PCA)散点图和统一流形逼近与投影(UMAP)图分析结果显示,各组的样本基本分开,提示后续差异分析有意义的结果可能会较多.两组样本数据比较共有415个差异基因,其中高表达53个、低表达362个.GO功能富集分析共得到226条有明显差异的GO条目,包括145条生物过程(BP)条目、44条细胞组成(CC)条目、37条分子功能(MF)条目,差异基因介导的BP主要富集于化学突触传递的调节、突触信号转导的调控、神经元投射发育的调节等,CC主要富集于突触膜、突触后密度蛋白、谷氨酸能突触等,MF主要富集于阳离子通道活性调控、门控通道活性调控、钙离子跨膜转运蛋白活性调控等.KEGG通路富集分析结果显示,差异基因主要富集于轴突导向信号通路、催产素信号通路、肥厚型心肌病等17条通路.GSEA结果显示,共有734个基因集,其中显著富集的基因集共有364个,包括人体补体系统、无意义介导的衰变、流感病毒感染等.最终筛选出老年自发性脑出血的关键基因为RPS6、RPL8、FAU、RPL35、RPS5、RPS19、RPLP1.结论 与老年自发性脑出血发病机制有关的信号通路包括轴突导向信号通路、催产素信号通路、肥厚型心肌病等;其关键基因为RPS6、RPL8、FAU、RPL35、RPS5、RPS19、RPLP1.

关键词：脑出血、计算生物学、生物信息学、通路、关键基因

所属期刊栏目：30

分类号：R743.34(神经病学与精神病学)

资助基金：国家自然科学基金;湖南省社会科学成果评审委员会课题;湖南省自然科学基金资助项目;湖南省自然科学基金资助项目;湖南省教育厅科学研究项目;湖南省教育厅科学研究项目;长沙市科技计划项目

在线出版日期：2022-05-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：60-67