甲状腺乳头状癌相关ceRNA网络的生物信息学分析

摘要：

目的 近些年由于高通量测序的发展,针对环状RNA(circRNA)的研究越来越多,但仍有大量的环状RNA有待探索,本文通过对甲状腺乳头状癌(PTC)中竞争性内源性RNA(ceRNA)的研究,构建circRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络,探索PTC中环状RNA潜在的调控机制,为临床寻找新的标志物或治疗靶点提供新的思路和见解.方法 整合GEO和TCGA两大数据库,下载与PTC相关的芯片及临床数据,运用生物信息学方法构建与生存相关的ceRNA网络机制.结果 两大数据库中共鉴定出16个环状RNA、199个miRNA和4 308个mRNA的差异表达基因,通过Cancer-Specific CircRNA Database预测环状RNA可能结合的miRNA并绘制韦恩图,将得到11个差异表达的miRNA通过TargetScan、miRDB两大数据库预测mRNA靶基因并整合,共得到751个差异表达的mRNA,通过三者之间作用关系整合成ceRNA网络并进行可视化,利用STRING网站工具构建蛋白质相互作用网络,计算并筛选出其中密度最高、接近中心性的前10个枢纽基因,GO和KEGG通路富集分析表明枢纽基因与某些癌症相关的生物学功能和途径密切相关.使用R语言中的生存包分析枢纽基因的预后意义,发现KCNA1和NLGN1与PTC患者的生存显著相关.结论 本研究从PTC相关的环状RNA角度出发,探讨其通过ceRNA网络可能参与PTC的发生与发展过程,进一步加深对PTC发病机制和治疗的认识.

关键词：环状RNA、竞争性内源性RNA、甲状腺乳头状癌、ceRNA网络、生物信息学

所属期刊栏目：21

分类号：R736.1(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金;海南省卫生健康行业科研项目

在线出版日期：2023-05-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：693-697